台船公司除了自身業務發展需要，從事國防科技與相關技術的研發外，亦可配合國防需求進行研發。本公司有關國防科技的研發，主要能力與重點在於軍用艦艇建造相關技術方面，可接受海軍、海軍造船發展中心或海巡署等相關單位的委託或合作，透過台船的研發體系或產學合作方式，進行研發工作或技術移轉。台船內部的研發體系包含有設計處、新創研發中心、資訊處、船體工廠技術課與供應商體系等等。產學合作對象包括國內外各專業法人研究機構（如船舶暨海洋產業研發中心、中國驗船中心、工研院、金屬工業研究發展中心等）及大專院校（如海洋大學、臺灣大學、國防大學、清華大學、成功大學、高雄科技大學、中山大學、屏東科技大學等）。於技術開發成功後全面應用於爾後國防建造之艦艇上，從最初期之線形設計開發即融入最佳船艉線形及最佳附屬物設計之設計理念，其次導入先進螺槳幾何之設計，再配合省能源裝置之裝設，絕對可大幅節省燃油費用及初期建造成本，提昇續航力、提高航速。